Оформление ФОП и получение ЭЦП между собой вообще никак не связаны. ЭЦП нужны только для того, чтобы можно было подписывать электронные документы, которые вы можете подавать в налоговую. Но для подачи отчетов в электронном виде нужно в налоговой еще какой-то бесплатный договор заключать. В приват24 для бизнеса есть раздел, где можно подавать отчеты в налоговую без лишних телодвижений, а подписывать своим ключом для ФОП. Или можно прямо в своем профиле привата получить ЭЦП и им подписывать документы. Как мне сказали в Приват, что у них какая-то договоренность с налоговой. В общем, все удобства для гражданина, лишь бы налоги платил :)